随着MDT诊疗的推广、肺癌患者生存期的延长及习近平总书记“全民大健康”理念的深入，肺癌患者除治疗肿瘤本身外，肺癌的相关合并症，尤其是呼吸系统疾病（如肺栓塞、肺部感染、气道狭窄、间质性肺疾病、支气管扩张、术后胸膜黏连、胸腔积液胸外术后及胸部放疗后肺康复等）及抗肿瘤药物治疗所引起相关毒副作用及合并症（药物性肝损、肾损、心肌损伤、免疫缺陷等）等问题逐渐得到重视。已有部分针对肺癌患者短期死亡和长生存期死亡因分析发现：NSCLC患者仅48.7%死于肺癌，超过50%的患者死于其他原因，如心血管疾病、肺部疾病（肺栓塞、慢性阻塞性肺疾病、菌血症、重症肺炎、间质性肺疾病等）和其他继发性肿瘤等。
为了改善肺癌合并呼吸系统疾病症状，为抗肿瘤治疗创造机会，减少抗肿瘤药物治疗所引起相关毒副作用及合并症。我院在五象院区设立呼吸内科，科室负责人邱晔博士为钟南山院士所在的国家呼吸医学中心——广州呼吸健康研究院出站博士后，通过围绕广西地方性侵袭性真菌病（马尔尼菲篮状菌病）、曲霉病、非结核分枝杆菌、抗IFN-γ自身抗体综合征等临床重点难点问题展开研究，创新性研发出辅助马尔尼菲篮状菌病早期精准诊断的人工智能技术平台、新型生物标志物研发技术平台，发表了多篇高水平学术论文，获批多项国内发明专利。
学科拥有一支技术精湛、人才梯队结构合理、具有处理疑难危重症能力的专业医护团队；现有医生6人，主任医师（教授）2人、副主任医师（副教授）2人、主治医师（讲师）1人，医师1人。医学博士3人、医学硕士3人。设立呼吸感染性疾病治疗组、慢性气道疾病治疗组、肺血管疾病治疗组、间质性肺病治疗组、支气管哮喘专业组、肿瘤相关呼吸系统疾病专业组、疑难罕见病组等亚专科，支纤镜室、肺功能实验室2个功能室。配有电子支气管镜、超声支气管镜（EBUS）及电子胸腔镜等。为促进学科发展，成为国内实力雄厚的呼吸疾病临床诊疗中心、科技创新中心、学术交流中心和人才培养基地，曾多次派送团队骨干至意大利罗马大学附属医院、意大利马尔凯理工大学联合医院、世界呼吸内镜主席Stefano Gasparini教授所在的肺部介入中心、美国胸科协会（ATS）、美国胸科医师学会年会（CHEST World Congress）、美国感染性疾病周（ID Week）、广州呼吸健康研究院、国家临床医学中心、国家重点实验室、北京朝阳医院、四川大学华西医院、武汉协和医院等多所国内外领先且综合实力雄厚的单位进行学习与交流。擅长呼吸道特殊病原体感染（包括曲霉、隐球菌、马尔尼菲篮状菌、组织胞浆菌病等侵袭性肺部真菌病，奴卡菌支原体、非结核分枝杆菌、病毒等非典型病原体肺炎）、慢性气道疾病、肺部肿瘤及肿瘤相关呼吸系统疾病（如肿瘤合并感染、呼吸道梗阻、呼吸道出血、肺栓塞、营养不良、恶病质及免疫性相关性肺炎等）、肺结节、肺血管疾病、间质性肺疾病、支气管哮喘及呼吸系统疑难罕见病等的诊治。在肿瘤合并感染，气道梗阻，气道出血，肺血管血栓，营养不良及免疫性肺炎等方面有丰富的临床经验。长期开展戒烟、肺结节、肺癌早诊早治、流感等呼吸系统疾病防治的科普工作。在上述领域拥有多项特色技术：经支气管超声引导针吸活检技术（EBUS-TBNA）、电磁导航支气管镜技术、全肺灌洗术、气管支架植入术、经气管镜局部治疗（激光、冷冻、注药、高频电刀）、OCT（光学相干断层成像）对肺血管病的诊治技术、内科胸腔镜下肿物活检、快速现场评估ROSE联合支气管镜诊断等。此外，针对肿瘤放疗、免疫及手术治疗的患者，开展放疗/免疫治疗前后肺损伤的评估与康复、术前肺功能风险评估及术后肺功能损伤康复等特色医疗技术。